Il processo di fatturazione elettronica coinvolge principalmente tre soggetti che interagiscono tra di loro:

1. gli operatori economici "emittenti" (imprese e professionisti che forniscono beni e servizi alla propria clientela);
2. il Sistema di Interscambio, gestito dall'Agenzia delle Entrate;
3. gli operatori economici "riceventi", cioè imprese e professionisti che ricevono fatture da altre imprese, le Pubbliche Amministrazioni e i consumatori finali.

Inoltre, nel processo di fatturazione elettronica assumono un ruolo di notevole importanza sia gli intermediari abilitati (da sempre figure di supporto in ambito fiscale e contabile) sia gli intermediari non abilitati (case software, imprese ICT specializzate nel fornire strumenti software per la gestione/trasmissione delle fatture).

Ai sensi dell'art. 21, D.P.R. n. 633/1972, il soggetto che effettua una cessione di beni o una prestazione di servizi ha l'obbligo di emettere fattura.
Per quanto riguarda la fattura elettronica, questa può essere emessa direttamente dal cedente/prestatore, il quale provvede a creare la fattura elettronica in formato XML, ad apporre eventualmente la firma digitale ed infine a trasmetterla tramite i diversi canali messi a disposizione dallo SdI.
In alternativa, il cedente/prestatore per effettuare l'emissione/trasmissione può rivolgersi ad un intermediario.

Il Sistema di Interscambio è la struttura mediante la quale è possibile trasmettere telematicamente le fatture elettroniche verso le Amministrazioni pubbliche interessate e verso i soggetti privati (soggetti con partita IVA e consumatori finali).